События 1917 г. убежденный монархист Сапунов встретил негативно. Участия в антиреволюционных авантюрах не принимал, однако смириться с разрушением привычного для себя уклада жизни также не мог.
Оставшись без пенсии, уже не молодой и испытывающий серьезные проблемы со здоровьем ученый вынужден был продолжить службу. Сначала исполнял обязанности заведующего статистическим отделом губисполкома, а с 1 ноября 1918 г. был назначен заведующим секцией демографии в губернском статистическом бюро.
Во второй половине 1918 г. Алексей Парфенович подал прошение о разводе с Юлией Садокиевной Волкович. Вероятно, это произошло бы и раньше, но до революции разводы, кроме исключительных случаев, были возможны лишь с санкции духовного суда и при строгом соблюдении определенных требований. С изданием большевиками в декабре 1917 г. довольно либерального по тому времени декрета о семье этот процесс значительно упростился. Однако Сапунов все еще надеялся обрести семейное счастье и в том же году женился на Марии Ипатьевне Толоцкой, которая была значительно младше его.
В самом начале апреля 1919 г. Сапунов подал прошение об оказании ему материальной помощи, поскольку не имел достаточно средств к существованию. И нужно отметить, что советские власти нашли деньги для единоразовой выплаты заслуженному ученому.
Тогда же из-за развивающейся катаракты Алексей Парфенович перешел на работу в Витебский губернский архив. В июле 1919 г. его фонды разделили на семь секций, которые в свою очередь были разделены на два отдела. Один из них (в который вошли секции народного просвещения, историко-экономическая, внутреннего управления и самоуправления) возглавил Сапунов. На этой должности он собирал известия об уездных архивах. Уже тяжело больному историку с трудом давались служебные командировки. В условиях разрухи погибло огромное количество ценнейших документов, которые сжигались, использовались для бытовых нужд, отправлялись на бумагоделательные предприятия. Так, в 1920 г. Витебский губархив получил циркуляр с требованием отправить на переработку 5 000 пудов (!!!) архивных дел. К чести Сапунова, он неоднократно обращал внимание властей на варварское уничтожение исторического наследия белорусского народа.
В январе 1922 г. в связи с сокращением Алексея Парфеновича освободили от штатной должности архивариуса, и далее он работал на условиях временных договоров.
После революции Сапунов все еще продолжал читать лекции – в местном отделении Московского археологического института (до 1922 г.), а с 1922 г. – в Институте народного образования. Здесь он в разное время читал курсы по истории Беларуси и Витебщины, а также белорусоведению, которые, однако, были рассчитаны на малое количество часов и не давали существенного заработка. Стоит отметить, что в 1921 г. Наркомат просвещения БССР предлагал ученому работу в одном из минских учебных заведений, однако по неизвестным причинам дальше предложения дело не пошло.
Преподавательская деятельность Сапунова завершилась в 1924 г. в связи с закрытием института и переводом его студентов и преподавателей в Минск – в открывшийся тремя годами ранее Белорусский государственный университет.
После этого материальное положение 73-летнего ученого резко ухудшилось – он оказался на грани нищеты. К тому же к этому времени из-за болезни глаз Алексей Парфенович уже не мог ходить без поводыря. Ввиду такого положения 1 октября 1924 г. Совнарком БССР по предложению Наркомата назначил ему персональную пенсию за «большие заслуги в изучении белорусского края». Однако вечером следующего дня ученый умер.