Вернувшись в Витебск, Алексей Парфенович наконец смог активно включиться в работу Витебской научной архивной комиссии (ВНАК), учрежденной в 1909 г. при его непосредственном участии.
Еще в 1910 г. ученый выступил с докладом «Белоруссия и белоруссы», изданном в том же году отдельной брошюрой. По словам самого историка, из-за этой работы, в которой подчеркивались особенности языка и обычаев белорусского народа, его даже начали обвинять в «сепаратизме». К слову, сам Сапунов любил белорусский язык и прекрасно владел им. В начале 1920-х гг. он отмечал в одной из своих лекций: «Научившись понимать народ, его язык, сказки, предания, мы научимся любить его, научимся видеть в нем человека. Первый шаг в изучении народа – это собирание произведений народной словесности и изучение народного языка».
В составе ВНАК Сапунов принял активное участие в подготовке мероприятий, приуроченных к празднованию столетия Отечественной войны 1812 г. и 300-летия дома Романовых. А в 1913 г. начал читать лекции в основанном двумя годами ранее витебском отделении Московского археологического института. Его утвердили на должности преподавателя кафедры древностей Северо-Западного края.
В мае 1912 г. Алексею Парфеновичу было присвоено звание почетного гражданина города Велижа. Этой чести он был удостоен «за инициативу и содействие к открытию в городе мужской гимназии».
В августе 1913 г. Сапунов вновь занял должность секретаря губернского статистического комитета. Накануне февральской революции ВНАК принял решение о покупке у Алексея Парфеновича (в том числе и для материальной поддержки ученого) редких рукописей, на обработку которых у него попросту не хватало сил, а также просил его передать право на переиздание ставшей уже библиографической редкостью «Витебской старины». Однако эти планам так и не суждено было сбыться.